異世界に全てを奪われた俺は裏世界の異能力者(エージェント)

異世界転移。
そんな現象が世界各地で確認される現代。開化真は幼い頃に異世界転移に巻き込まれた。だが転移の直前に真は両親の手により助られたが、その代わりに親が異世界へ転移してしまった。
そんな彼は、同じ境遇を持つ少女セイラ＝レーショウと共に、叔父である忍田黒仁がトップを務める裏組織『月影』に所属し親の行方を追う。
そんなことから数年、真は突如従兄妹の忍田いばらと共に高校の教室で異世界転移に巻き込まれる。