臆病な未来人と優し過ぎる司令長官の、甘くて切ない架空戦記
源葉洋平は高校修学旅行の最中、呉の大和ミュージアムで10分の1大和模型を見た記憶を最後に意識を失う。目覚めると洋平の前には本物の戦艦大和と、旧帝国海軍によく似た軍装を纏った少女達がいた。
光文17年4月、太平洋を隔てた大国ヴィンランド合衆国との大戦の最中にある帝政葦原中津国。未成年の女性を除きヒトが生まれつき海に出られない世界で、海で戦う使命を帯びた少女達は海軍乙女と呼ばれていた。男なのに海でも平気な洋平は「異世界未来人」であると認められ、連合艦隊司令長官・山本五十子の特務参謀として葦原海軍の一員になる。
いつも元気いっぱいで甘い物が大好きな五十子、気難しい大艦巨砲主義者の参謀長・宇垣束、昼夜逆転ひきこもりの先任参謀・黒島亀子、女の子同士の禁断の関係に目が無い戦務参謀・渡辺寿子など、個性の強すぎる海軍乙女達に振り回されながらも、前線から遠く離れた連合艦隊司令部の日常は驚くほど穏やかに過ぎていく。
一方で、洋平の知る史実そのままに推移する戦争。
海戦ゲームマニアだった洋平は元の世界の知識を活かして早期講和を目指す五十子達に協力していく過程で、日常の裏側に隠された海軍の闇、少女達の過去、そして五十子の深い悲しみを知ることになる。
やがて訪れる、ミッドウェー海戦。
洋平は未来を変え、五十子を救うことができるのか。