目が覚めたら東京が水没していたので、海賊になりました。

目が覚めたら、そこは海だった。 ビルもマンションも東京タワーも、全てが海に沈んだ世界。 少年、周防湊（すおうみなと）は海賊に命を救われ、仲間に誘われる。 航海したり、宴をしたり、戦ったり。海賊として日々を過ごす中、湊はこの世界の真実を知り、元の世界の水没を阻止するために動き出す。

元の世界でも海の世界でも、海賊は、欲しいものを手に入れる。