ぼっちな俺と世話焼き美少女が五百年の恋を叶えるまで

高校生の陽翔は、うまれながらに見えない何かの声を聞くことができた。
引っ越ししてきたばかりのある日、古びた神社のお堂で姿無き声が聞こえたことで驚いて後ずさる。
その時、小柄な美少女の陽毬とぶつかり、見えないはずの声の主の姿が見えた。
声の主は遥か昔に亡くなった侍の亡霊だというのだ。
侍は遥か昔、想い人と会えぬままこの世を去ったという。
陽翔は霊が見える陽毬と手を繋いでいる時だけ、侍の姿が見えることが分かる。
二人は協力し、侍の想い人を探し出し彼女へ侍の想いを伝えようとするが……。