特別指定対象　あるいは博識な宇宙甲殻類について

もし宇宙人・異世界・超能力・魔法……などが実在するとしたら？
もしそれらを世間から隠蔽している組織があったとしたら？

60年前のある日。螺子巻（ねじまき）シズクが宇宙から降ってきた。
それ以来、彼女は異常な事件から地球を守っている。
相棒は高校生男子の堺（さかい）イクト。
ふたりは秘密組織「Q機構」に所属し、今日も異常な事件を解決していた。

とある事件の後、ふたりはイクトのクラスメイトである塩森（しおもり）レイカと出くわしてしまう。
運悪く次の事件が発生してしまい、ふたりはレイカを巻きこむことになってしまった。
ただ今回の事件はいつもと違う。シズクを敵視する謎の存在、破滅的な未来のビジョン、イクトを襲う異常存在。

地球全体が滅びへの道を辿る中、彼らは黒幕を倒せるのだろうか。