機械少女は人類が滅びた世界で旅をする

手足の無い機械人形のソフィアは、滅びた世界で知的生命の発生を見守る任務を与えられていた。
毎日研究所で本を読むだけの日々を送っていたが、ある日『知的生命体発見』の報を受け、とある山岳地帯に赴くソフィア。そこで出会ったのは、何度も物語の中で目にした巨大なドラゴンだった。
交流の末、再会を約束して別れるソフィア。その後幾度となく届く『知的生命体発見』の報。その中で、様々なファンタジー世界の住人と邂逅する。
そんな日々の中で彼女は、この住人たちと仲良く暮らせるような新たな国を作ろうという想いを強めていった。
新たに機械人形のシィを迎え、国造りの準備を進めていく中、別の研究所で造られた機械人形のシャロームから宣戦布告を受ける。
シャロームとの戦いの中で、彼女の本音を知ったソフィアは、彼女を救うため『魔法』に辿り着くのだった。