生物系学生のメモ帳

MEGA11 クレード間の遺伝的距離を計算する

※間違ってたらゴメンナサイ。そしてその時は教えて下さると本当にありがたいです。

MEGA11ってソフトは、系統解析に使うのに本当に便利なソフトウェアで、これ一つで遺伝的距離の計算やらアラインメントやら系統樹の構築やらができてしまうんですよね。しかも、操作が直感的で分かりやすい上に、MacでもWindowsでも使えるという。基本的な使い方を解説してくれているサイトや総説は他に幾つもあるので、まずはそっちである程度このMEGAというソフトウェアをある程度使える（アラインメントして、系統樹を作成することができるくらい）ようになってもらうとして、ここでは「クレード間の遺伝的距離を計算する」ということについてちょっとだけ解説。

これ、調べても上手くグルーピングできなかったんだよ。辿り着くまでに苦労した。なんて自分語りはここまでにして、じゃあどうやってグルーピングしていくかというと……、やるのはたった4ステップ。それは、「解析画面を開く（アラインメントは済んでいる状態で）（ファイルを選んでMEGA11を起動する時に『Analysis』を選択すると出てくる画面）」「Shiftキーを押しながらそのグループに属する配列を選択する（青くなればOK）」「Groupsタブで各グループに名前を付けていく（名前を付けてあげることで選択された配列が同じグループと設定されるっぽい）」あとはMEGA11のデフォルトの画面から「Distanceタブから『Compute between distance』を選択する（P-distanceなのか、K2Pなのか、とかは自分のやりたい方法をここで指定できる）」だけ。

個体間は結構簡単に遺伝距離を計算出来るんだけど（参考になる記事とか動画がネット上にたくさんあるんだけど）、集団間（クレード間）ってなると参考にできるのを書いている人が見つけられなかったので、自分の備忘録として書いてみました。誰かの参考になったら嬉しいな。

という訳で、今回はこの辺で。冒頭にも書きましたが、やり方が違うとかもっとスマートなやり方があるという場合は、コメントで教えていただけるとありがたいです（コメントだと記録も残るので）。