カダヤシとカワスズメは環境DNAで検出しにくい?

 某論文で、カダヤシやカワスズメが環境DNAメタバーコーディングで検出しにくい可能性に言及していたので備忘録的に書き残しておく。使われたプライマーはMiFish-U-F/R (Miya et al., 2015)。配列との間に1~3塩基のミスマッチがあったとのことだが、この程度で増えないもんなのだろうか……? ちなみに、この研究では検出されたリードの9割をある1種が占めていたとのことなので、こっちにプライマーが食われているだけのような気もする(ここは分からない)。ちなみに、この場所は私も行ったことがあるが、年中カダヤシやカワスズメがうじゃうじゃ居るような場所なので、時期的に検出できなかったとか採水位置のせいで検出できなかったという訳ではないと思う。

他の研究を見てみると、カダヤシに関しては検出できた例があるようなので全く検出できない訳ではなさそう。だが、結構捕獲調査のみでカダヤシを確認したとしている研究も複数あったため、プライマーとのミスマッチなどの要因で検出しにくい可能性はありそう。カダヤシやカワスズメが居る可能性がある場所で環境DNAメタバーコーディングをやる時には、検出しにくい可能性を考慮した方が良さそう。

  • Xで共有
  • Facebookで共有
  • はてなブックマークでブックマーク

作者を応援しよう!

ハートをクリックで、簡単に応援の気持ちを伝えられます。(ログインが必要です)

応援したユーザー

応援すると応援コメントも書けます

新規登録で充実の読書を

マイページ
読書の状況から作品を自動で分類して簡単に管理できる
小説の未読話数がひと目でわかり前回の続きから読める
フォローしたユーザーの活動を追える
通知
小説の更新や作者の新作の情報を受け取れる
閲覧履歴
以前読んだ小説が一覧で見つけやすい
新規ユーザー登録無料

アカウントをお持ちの方はログイン

カクヨムで可能な読書体験をくわしく知る