カダヤシとカワスズメは環境DNAで検出しにくい?
某論文で、カダヤシやカワスズメが環境DNAメタバーコーディングで検出しにくい可能性に言及していたので備忘録的に書き残しておく。使われたプライマーはMiFish-U-F/R (Miya et al., 2015)。配列との間に1~3塩基のミスマッチがあったとのことだが、この程度で増えないもんなのだろうか……? ちなみに、この研究では検出されたリードの9割をある1種が占めていたとのことなので、こっちにプライマーが食われているだけのような気もする(ここは分からない)。ちなみに、この場所は私も行ったことがあるが、年中カダヤシやカワスズメがうじゃうじゃ居るような場所なので、時期的に検出できなかったとか採水位置のせいで検出できなかったという訳ではないと思う。
他の研究を見てみると、カダヤシに関しては検出できた例があるようなので全く検出できない訳ではなさそう。だが、結構捕獲調査のみでカダヤシを確認したとしている研究も複数あったため、プライマーとのミスマッチなどの要因で検出しにくい可能性はありそう。カダヤシやカワスズメが居る可能性がある場所で環境DNAメタバーコーディングをやる時には、検出しにくい可能性を考慮した方が良さそう。
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