サイ・ゴースト――プロローグ――

十五年前の「時空災害」により国も違う平行世界の都市の一部がひとつの都市として繋がった「メインシティ」の東京地区に住む少年「多神矢光司」（コウシ・タカミヤ）はお節介な幼馴染み「武藤橋千代乃」（チヨノ・ムトウハシ）に疎まれながらも、学校をサボりながら外街（クレータ）と呼ばれる都市の外に広がる貧民街で、悪友「ジェイムズ」のスクラッパーと呼ばれる仕事を手伝っていた。
刺激的な外街への行き来にもなれたある日、光司は二度と日常には戻れぬ、この平行世界都市の真実を知ることになるのだった。