魔法少女×ネクラオタク＝世界を救う。

魔法少女が大好きな１３歳の少女、『波倉幸絵』。
幸絵は中学二年の始業式の日の帰り道、空から降ってきた謎の精霊と出会う。
その精霊の名は『アマテラス』。
アマテラスは神の世界に住む日本神話の神様で、彼女たち神の住む世界は神同士の対立で滅亡の危機にさらされていた。
アマテラスは他数体の神と共に神の世界の滅亡を阻止するべく人間の住む世界へとやってきた。
アマテラスは降り立った人間の住む土地で、波倉幸絵と共に戦うことを決意する。
この物語はアマテラスの力を借りて魔法少女になった波倉幸絵が、世界を救う物語である。