水晶ドクロはイセカイから来た少年を拾いました

お伽噺とされていた世界、イセカイからエーサクという一人の少年が呼び出されたことで始まる物語。
魔法士モーリィは長年の研究が実り、転移魔法によってエーサクを呼び出したが、手違いによって彼のことを手放してしまった。
モーリィの雇い主であるグレイストン伯爵はイセカイが実在することを知り、その地の科学技術によって大きな力を得ようと野心をむき出しにし始めた。
グレイストンと対立する軍人、フィラベル大佐はこの状況こそ好機と見て裏で暗躍し始めた。
そして、『水晶ドクロ』こと魔法士カナリアはひょんなことからエーサクを拾い、彼の事情に同情して、力を貸すことにした。
かくして、元の世界に戻る決意を固めたエーサクは、様々な人間の思惑に翻弄され、彼らの争いに巻き込まれていく。