群青区に神は滅びて

大学生の香山ユキトは、ある日交通事故を目撃する。
その傍には幼なじみの女子高生、東間ナオもいた。
ナオが事故を見て笑っていたことに不審を抱いたユキトは、その後を追いかける。行き着いた先で目にしたのは、神の力で願いを叶える「システム」だった。
人々の願いをシステムで叶えるナオは、ユキトにも協力を求める。全ては「神社の復興のため」。神様が消えた街で、二人は人々の願いを叶える。
だが順調に見えた矢先に邪魔するものが現れて……。