最強魔法師、追放されたので魔法学院に入学して青春を謳歌しながら幻を現実に、現実を幻にする魔法で再び最強となる

日本人の天才科学者がナノマシンを発明したことにより、人類は大きな発展をしてきた。
ナノマシンの副産物として一部の人間は魔法という奇跡の力が使えるようになり、世界各国は魔法師の育成に力を入れている。
そんな中、Ｓ級魔法師として活躍していた霧雨将人(きりさめまさと)はとある事情で日本魔法団体を追放されてしまった。
そこで国立魔法学院の学院長をしている黒川円香(くろかわまどか)に学院に通わないかと言われて通うことになる。
入学した将人は最強魔法師として活躍した経験を生かし、正体を知っている生徒会長、白井雪乃、クラスメイトの紅林桔梗(くればやしききょう)と一緒に学院で圧倒的な力を見せつけるのだった。