色々考えてぐちゃぐちゃになっているので、整理します。
第一にセオリーとして、ストーリー・舞台と無関係なキャラを出すのって、やめたほうがいいはずですよね。
だけど、それをやっている作品がありまして。
フォローされる可能性はありますが。あくまで『無関係なキャラを出すのはやめたほうがいいのか』という議題ですので、他意はありません。
気にせずとらえてください。もしくは例え話として見てください。
で、このキャラは本当はテーマに沿ったキャラで、意図は理解しています。
問題なのは無関係（に見える）話を展開したことではなく、なにを為したのか・なんのためにそれをしたのか・ほかの方法では駄目だったのか、どうなったのかを正確に描かなかったこと。
抽象的な説明でぼかし、布石となる発言も回収せずに放置。
だからこのキャラがなんのためにここにいて、なにをしたのかが分からなくなった・説得力が薄れた。
そういうことを言っていたのですが、長いのでカットします。
（盤面上、むしろ中心人物になれる立ち位置なんですよ。それを舞台に関連する設定を隠され、舞台から排斥された感じのそれ）
それはさておき。
私はこれに関してずっと悶々としていました。本当に最悪な推され方をされたなと。
アンチが増えるキャラはたいてい、活躍していないのです。
表面上は優遇×実際の扱いの悪さという方程式。
装飾だけ立派で中身はスカスカ。ハリボテという感じの。
長尺を使われた割にキャラもつかめないし。
で、ずっと考えていたのですが。
裏を返すと印象に残りすぎているなと。
なんなんだよこいつという感覚がずっとあり、
全ての印象がこのキャラに侵食されました。
他のムーブが完璧だったキャラは、無難過ぎて言うことがありません。
このキャラだけ浮いている
あまりにも存在する意味がなさすぎて、救いようがない。
つまるところ、この異物感のあるキャラクターは悪目立ちをすることで、注目を浴びられるわけです。
（章内では基本、主役・メイン級のキャラしか掘り下げちゃ駄目だと思います。逆に主役章でスポットが当たるのは自然）
無関係なキャラを出すこと自体はありなのか？
ありかもしれない。なんなら主人公もそのパターンに入りますし。
いわゆる、異分子キャラ。外部から侵入してきた相手・敵、裏で悪いことをしていそうなキャラ、だとか。
舞台にまつわるキャラ・メインプロットに関係のあるキャラ（別の派閥出身）
後者のパターン、場違い寄りですよね。
だけど、第三幕の主役となり物語を締めれば、裏主人公になれる。物語内で印象を残すことができる。
浮いたキャラを活躍させ、強い印象を残すシナリオは、そこそこあります。
最良なのはメインになることですが。
物語を締め、テーマを体現する。（この章はつまりこういう話だったんだと語る役目）これくらいはできないと。
ストーリーに参加しろ。そうでないなら脇役に甘んじろ。
主役の一人となるのなら、相応の活躍をしてほしいのですね。
せめて、遺したものが突破口を開いたり、起死回生の一手に繋がったり。その意思が受け継がれたり。
そのキャラの取った全ての行動に意味がなければならない。
それが義務だと思います。
稀によくある、◯◯というキャラだけよく描かれ掘り下げに尺を使われ、評価も高いってやつ。
あれはそのキャラが章の主役で、収束点を担っているから成立しているんですね。
主役をきちんと主役として描けていない。それにふさわしいだけの活躍・行動を取れていない。ここがなってないと、駄目なのです。
私の考えでは舞台or主人公のどちらかに深い関わりのあるキャラが望ましいです。
第2幕：舞台にまつわるキャラ。その章の中心。
第3幕：メインプロットを進めるキャラ。全体のストーリーを進める要因。
第3幕に置くのが無難です。
キャラを掘り下げるとストーリーが進む形となれば、独り舞台は問題ではありません。むしろ、クライマックスで独壇場となると、かなり強いです。
3幕のメインなら少なくとも役割が消えることはない。物語からフェードアウトする心配もなく、登場する意味をもたせられる。このポジションって結構な確立で章の主役・目玉ですからね。
ここで目立つと主題を乗っ取れる可能性があります。
まあ、それで物語破壊したら駄目ですが。
それで、いかに役割を持たせられるかが重要なわけで。
2幕は中途半端な位置なのです。そこでピークに入る＝物語の核心に入る前にフェードアウトする可能性も高い。
あと、2幕メインの役割を果たせない可能性も高い。
章ボスと対立し、計画を練り、主人公を物語のレールに載せ、ともに戦う。
本来ならこれをやる必要があったわけです。
ストーリーを貫通する太いラインに直で乗っている。物語の端にいるキャラとは正反対に位置します。
要は物語を進める役を担っているわけでして。掘り下げた結果、逆にストーリーを停滞させるようなキャラでは、務まりません。
1幕から引っ張ってきた流れを阻害してはならない。あさっての方向へ物語を進め（3幕で何事もなかったかのように軌道修正）ては駄目です。
例のキャラは物語の中心になれないのに、端で独り舞台を演じたから、事故りました。
仮に第二幕に置いた場合、ライバルとして出すのがいいかもしれません。
主人公と因縁があり、対立したり、影響を与え合ったり。共闘したり。
とにかく、シャドウの役割をきちんと演じてください。
脇役のまま掘り下げたいなら第１幕です。
第１幕は物語が動かないので、地盤固め・布石の段階です。この段階ならまだ、無関係なキャラを放り込む余白があります。
本当は人物相関図の中心にいて、掘り下げるといろいろなキャラが対比で見えてくる・他のキャラも魅せられるタイプがベストなのですが。
妥協案ということで。
あとやっぱり、主人公視点と俯瞰視点でギャップがある・印象が全く異なるのはよくないと思います。
他のキャラと深く関わらず、自分だけの物語を乗り切った場合。
その章全体でくくられた場合、なんでいるの？ となりません？
皆で全力で問題にあたって団結している中、一人でなにをしていたのか。その輪から置き去りにされながら、それでも中心に入り込もうとする。
同窓会に退学者が出席するような気まずさです。
それから確証はありませんが
活躍させスポットを当てたいなら、因縁のある敵をぶつけるのが手っ取り早いです。
また、旧約13巻と似たパターンにするとして。
複数視点でやる感じの。
あれは一方通行がもう一人の主人公だったから成立したんですね。そこに至る過程として、敵→禊→繋ぎ→ターニングポイント→この章という感じで。
色々と経てって感じだったので。
もう一人の主役として章に出すには、ここまでのお膳立てが必要です。
しかも主人公と因縁のある相手（シャドウ・対比キャラ）でなければ、無理そう。
ぽっと出のキャラが務まる役目ではありません。
最低でも積み重ねがないと。
このキャラに関しては主人公を中心で見た場合、席がなかったのも要因かもしれません（相棒役、倒すべき敵、道を示してくれた相手、協力者という風）
あと、作中の役割も席がなかったです。
見ている方向が一人だけズレていました。この手のキャラはトリックスターとしてなら描ける可能性があったのですが。
なんにせよ。
そのキャラがいる理由・舞台にいた理由・なぜこのキャラが描かれたか
これが明確に設定され、作中で分かる形で描かれていなければならない。
そんな感じであってほしいです。
ここまでの流れをまとめると、無関係なキャラが出張ると悪いというより、役割がないことが悪いのかもしれません。
最後に
どういう風に描けばよいのかに関して
一番簡単な方法としては
章ボスor主人公もしくは両方とラインを繋ぐ手法がいいかもしれません。
対比にするだけだと伝わらないかもしれない。だから、影響を与え合ったり、立場が違（敵）ったり。こういう分かりやすい形で対を示す必要があります。
協力するなら協力し、最後まで付き合う形でもいいです。
とにかく主人公を中心としたトライアングルを形成し、調和させる。これが一番きれいだと感じます。