TS魔術師と欠落の錬金術師

少女アルマは魔術の才能とかわいらしい容姿を兼ね備えながらどこか心と身体がずれたような感覚を抱える女の子。
魔術学校の卒業式の日の夜、アルマは偶然にも師である錬金術師マリーの日記を覗いたことから自分が元々男であったことを知ってしまう。
マリーは稀代の天才でありながら人間としての倫理観や道徳を一切持ち合わせておらず、非人道的な研究や実験を数多く繰り返すことから『欠落の錬金術師』の異名を持つ存在。

そんなマリーがなぜ自分を女の子にしたのか、本来の自分は何者なのか。
魔術師と錬金術師の助手、二つの活動を通しながらアルマは自分の正体とマリーの行動の謎に迫っていく。

これは自分のことを知らない少女が一人の人間の愛を知る物語。