魔女と呼ばれた少女たちは

17年前に義姉を魔女に殺された青年・雲雀イヅル。彼はその復讐のために、魔女たちの住む方舟島、そこにある唯一の学校に、教師として赴任する。
しかし入学式の日、彼は何者かに殺されてしまう。
……が、気づけば、彼は生き返っていた。
「犯人を探しましょう。私ーー大罪級魔女、益田シオンが協力します」
クラスの委員長であるシオンと共に、イヅルは彼女の仕事ーー暴走の危険性がある魔女たちのカウンセリングーーを行いながら、自らを殺した犯人を探すこととなり……。