運命の悪戯に最後の最強魔法使いとして目覚め俺は、滅びを始めた世界を護る神となる　

魔法が絶え、錬金術が進化して最先端技術となった世界。
成城学園魔法考古学科の三塚亜樹はある日、不思議な夢を見る。
その夢は、伝説の魔法使いエリィ・アルムクヴィストが仲間と共にモンスターと戦う姿であった。
亜樹は妹の美優から頼まれていた調べものをするついでに、日中にみた夢の意味を調べるようと錬金術師博物館に向かう。
だが、魔法使いに関する情報はほとんど得られず、亜樹は諦めかける。
しかし、帰ろうとした時、幻覚を見てしまう。
そこには伝説の最強の魔法使いの少女が現れ、亜樹に微笑む姿があった。
それが何か分からない亜樹は家に帰るが、その夜、夢うつつに訪れた錬金術師博物館の地下で夢に出てきた少女を見つける。
なぜ滅んだはずの魔法使いがここにいるのか。
少女の目覚めと共に、魔法使いと錬金術師の戦いが再び動き出す