目つきの悪い彼女のタスクは、俺だけのアプリが知っている

「ねえ、どうして私の悩みを知ってるの？」
高校2年の主人公は、自作のタスク管理アプリ「ToDoMe」をひっそり更新する日々を送っていた。だが、ある朝──“自分の予定”にはない、クラスの孤高な少女・東雲理央のタスクが突然表示される。しかも、その内容は誰にも明かさぬ心の奥底。
困惑しながらも主人公は理央の悩みをさりげなく手助けし、次第に孤独な彼女の心に小さな灯火が灯る。やがてアプリには他のクラスメイトのタスクも現れ、現実にはありえない怪異がリンクして発生し始める。「このタスクは、誰の願いから生まれたんだろう？」
アプリの謎を追う中、主人公と理央は、互いの心を知りながら不可思議な世界に踏み込んでいく──。