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滅びゆく世界。かつて栄えた都市は崩壊し、人々も消えていった。生き残ったもの達は虚獣に怯えながら命を紡いでいた。
そんな中謎の組織「巡礼者」は滅んだ都市を巡り虚獣を討伐しながらある"鍵"を探していた。
そんな中、少年であるレイ（Rei）はかつての虚獣の襲撃により故郷を失い、全て喪った過去を持つ。
ある事件をきっかけに巡礼者として生きることを決めた彼は仲間達と共に人類滅亡の謎に挑んでいく。