この神聖な場所で

外では戦争により害悪な電磁物質が蔓延して外に出ると一瞬で死んでしまう世界

そんな中で人類が生き残るために子供達だけを集めた施設で結衣たちは幸せに暮らしていた。
博士や先生と呼ばれる大人は子供達を実の子供のように可愛がり、子供達も博士や先生達を慕っていた
だが、その施設には謎があった
施設内では外の世界に行けるように子供の体を改造される実験がされていた
外に出れない世界では、施設の中を幸せにするしかない。
そして結衣たちは立ち上がる

大人達の妨害、他の施設からの使者
そして、謎の能力

全ての謎を解き明かし、彼女達は幸せな施設を作ることができるのか！？