この時代の人名については、小説情報の紹介文の欄で簡単に解説していますが、改めて、もう少し詳しく書いておこうと思います。
例えば、この物語の主人公の名は「五百瀬藤吾春永」ですが、「五百瀬」が名字（苗字）、「藤吾」が仮名（けみょう）、「春永」が実名（諱）です。
生前に他人から実名で呼ばれることはほとんどありませんでした。主君や親などの目上の人間なら、目下の人間の実名を呼んでもOKだったようですが、「呼ばなければならない」わけではないので、実際には仮名で呼ぶことが多かったと思われます（そのほうが敬意や親愛の情の表現になるので）。
ちなみに、「信玄」や「謙信」は出家後に名乗る法名なので、諱とは異なります。
仮名は通称とも言いますが、男性なら古い時代は「太郎」とか「三郎」とかで済まされていました。それだけだと他の人とかぶってしまうと判別しにくいので、「○○太郎」「××五郎」のように前に付けて、区別しやすくする場合もあります（桃太郎や金太郎がまさにそれ）。
「三郎」なら三男かとなると、その場合もありますが、違う場合もありで、必ずしも一致しません。時代が下ると、「太郎さんの三男だから」という理由で「太郎三郎」といった感じの名前も出てきます。
時代物でよくある「○○兵衛」や「××衛門」といった名前は、中世になると次第に仮名として使われることが増えてきます。「右兵衛督」や「左衛門佐」などの官職の名前が由来となっています。
そして、朝廷から官職を得た人は、官職の名前で呼ばれるようになります。「右京大夫」「大納言」「左近少将」など。ただ、時代が下ると実際には官職を得てない人が勝手に官職名を仮名として名乗るケースも増えてくるので、歴史上の人物の名前を見る時はちょっと注意が必要です。
「――奇獣流転譚――」では登場人物の上の名前は名字だけで済ませていますが、昔は苗字と姓が別個に存在していました。「藤原道長」の「藤原」や「源頼朝」の「源」は姓です。しかし、「藤原」が増え過ぎたために区別のために姓とは別に「近衛」「鷹司」などの名字を名乗ったり、領地を得た武士がその土地の名前を名字として名乗ったりするようになります。
で、登場人物の名前はどうやって決めているのかとなると……考えるのになかなか苦労しております。
登場人物の名字の中で、「五百瀬」「九護」「三堂」「七見」以外は創作なので、おそらく実在しないと思われます（同じ読み方で漢字が異なる名字が実在するケースはあります）。思うところがあって意図的にそうしているのですが、これを考えるのに時間を食ってしまうこともしばしば……。
仮名はさすがに「実在しない」というのは難しいので、歴史上の人物と同じ仮名も多々ありますが、出来るだけ他の登場人物と似通ってしまわないようするために頭を悩ませることも少なくありません。
官職名の場合も、その人物の地位だとどれぐらいの官職なら不自然でないかが、付け焼刃の知識の作者にとってはやはり悩みどころです。
江戸時代までの日本人の人名に関しては、さらにくわしく（＋分かりやすく）解説されている本やサイトもあるので、もっと知りたい方はそちらをご参照ください。