【邂逅篇】
第3話『ファーストコンタクト』
首相官邸に官邸対策室が設置され、荒垣防衛大臣、立花防災担当大臣・国家公安委員長は不審船事案に対処する。時を同じくして西ノ島に人工物が多数出現。これこそ異世界〈方舟〉であった。
演説する〈方舟〉摂政バシス大公。前王アリスの再来を願い『バシス・ドクトリン』を掲げ、〈方舟〉臣民は今は亡き旧異世界〈箱庭〉に思いを馳せる。
第4話『時巡る方舟』
旧異世界〈箱庭〉はデューゴス(カグツチ)に滅ぼされた国であった。
アリスの国王即位式当日、異世界の邪神デューゴスが〈箱庭〉を襲撃。アリスはデューゴスの正体がカグツチであることを悟るが、時すでに遅く世界の崩壊が始まる。アリスは臣民らを異世界の西ノ島〈方舟〉に転移させた。その際アリスは『必ず会いに行く』と告げた──
バシス大公は『他に人はいない』と宰相にカーターを任命した。
第5話『日方首脳会談・火之神の呪い』
アリスの生まれ変わりの少女『アリサ・フォン・キャンベラー』が方舟宮殿にてバシスと大公と謁見する。
そして日本国内閣総理大臣、岸本勇雄と〈方舟〉摂政バシス大公は〈やまと〉艦上にて首脳会談を実現。荒垣防衛大臣を本部長とする内閣府特定事案対策統括本部【特事対】より東京湾巨大生物上陸災害、無人宇宙船ベテルギウス暴走事故について情報を共有する。カグツチの呪いは異世界をも巻き込むものだった──