【序章・黎明篇】
第1話『西暦2022年・新日本神話概略』
(第一部概略。東京湾巨大生物上陸災害から〈方舟〉への弾道ミサイル攻撃まで)
第2話『新たなる序章・反撃の嚆矢』
禍々しい宮殿に構える火之神。西ノ島──〈方舟〉に向けて弾道ミサイルを放つも、護衛艦〈やまと〉によって防がれる。
【第一章・風雲篇】
第3話『特定事案対策統括本部・宿命のふたり』
首相官邸にて特事対の会合が開かれる。その頃、火之神出現の現場に居合わせた洋祐と美咲は医療機関にて検査を受けていた。翌日、内閣総理大臣岸本とバシスを交えての特事対会合が開かれる。二人は運命に巻き込まれてゆく……
第4話『時巡る方舟・精霊魔法の記憶』
特事対に招かれ、自身に太陽因子が宿ることを知った美咲は政府の依頼を受け、内閣官房参与に就任する。
方舟ではバシス大公により、太陽因子を復活させる計画──バシスドクトリンが提唱される。
人間界より方舟に転生した少女アリサが前世──アリスの記憶、先代世界の真実に迫ろうとしていた。
第5話『武力攻撃事態・火之神の挑戦再び』
火之神の命を受けて魔族の大都督ガリウスが軍艦と飛竜を引き連れて方舟に侵攻する。海上自衛隊、日本国政府はこれを武力攻撃事態とみなし対処する。
【第二章・魔界篇】
第6話『国家安全保障会議・戦場の歌姫』
国家安全保障会議開催。防衛出動が決定される。中国弾道ミサイル基地の動向について荒垣が岸本に報告した。
護衛艦やまとが飛竜と交戦。
方舟旗艦スマーケンと自衛艦隊が合流、日方連合艦隊の護衛のもと太陽因子を宿す美咲は歌を歌う──魔族の艦隊が迫っていた。
第7話『日方連合艦隊出撃・太陽因子の共鳴』
日方連合艦隊は敵艦隊に対艦ミサイル攻撃を敢行するも、旗艦には防がれる。
一方、方舟王都ではアリサが前世──アリスの記憶を呼び覚ます。そして忍び寄る影。
護衛艦やまとがレールガンで旗艦を撃つも、弾かれる。だが日方連合艦隊の連続攻撃は、美咲の歌声でスマーケンに太陽因子を貯めるまでの時間稼ぎだった。魔法陣が展開し、閃光が走った。
第8話『火之神の幻・太陽因子の呪い』
戦場の歌姫作戦は成功したかに思えたが、突如電波障害が発生する。特事対メンバーと方舟王族、重臣らはカグツチの幻を見せられる。カグツチは日本国に宣戦布告。
数日後、特事対の緊急会合が開かれる。岸本はそこで天皇への内奏を決断する。
【第三章・皇国篇】
第9話『天皇と女王の会談・さだめのふたり』
日本国・方舟両政府は皇居に参内し天皇に謁見する。簡易検査にて天皇が太陽因子を宿すことが明らかとなる。そして洋祐にも太陽因子が宿っていた。
防衛出動の国会審議、美咲の参議院外交防衛委員会参考人招致が決定され、多くの者が見守る中、国会中継が始まる──
第10話『参議院外交防衛委員会参考人招致』
防衛出動の是非を巡り、自主憲政党、民衆党、日本改新党による国会論戦が始まる。民衆党議員の言いように憤り、疲弊する美咲。東京湾巨大生物上陸災害時に官房長官を務めていた立花の姿もあった。
委員会採決にて決議案が本会議に送られる。
第11話『開戦の火蓋・アリサとバシス』
防衛出動が参議院本会議で可決する。
先代異世界箱庭の崩壊を回想するバシス。目覚め、アリサと寄り添う。
台湾海峡を航行していた駆逐艦ベンフォルドとデューイが中国人民解放軍と交戦する。デューイが撃沈され、その一報はホワイトハウスにもたらされた。
【第四章・炎上篇】
第12話『日米電話会談・統合任務部隊編成』
日米首脳電話会談が行われ、日本国政府に対応を一任する旨、大統領が告げる。
東城宏一自衛艦隊司令官を指揮官とする統合任務部隊が編成。『海原の嵐作戦』が開始される。作戦浅間一佐を指揮官とする空母いずも、護衛艦やまと、第五護衛隊が展開する。
一方、方舟では王立図書館をデューゴスが襲撃。アリサを拉致した。
第13話『衝撃・囚われた少女』
デューゴスにより、アリサは空母遼寧に囚われる。カグツチの術とアリサの太陽因子の共鳴により、方舟の精霊魔法に影響が出る。
諜報尚書イナバ、統合任務部隊指揮官東城を交え特事対の緊急会合が開かれ、アリサ奪還作戦が発動される。
前線部隊指揮官は作戦会議に望む。
第14話『空母航空団出撃・アリサを奪還せよ』
制空権を確保すべく護衛艦いずもよりF35が出撃する。
自衛艦隊が敵攻撃機と交戦を開始。
カグツチと拮抗させるべく美咲が歌う。アリサの歌声がかすかに聞こえたため、艦隊は進撃を開始する。
【第五章・決戦篇】
第15話『内閣総理大臣緊急記者会見』
岸本が緊急記者会見を開き、国民を振るい立たせる。
日方連合艦隊が遼寧と交戦。洋祐率いる突入隊が発進する。
第16話『強襲・女王の決意と天皇の祈り』
突入隊が空母遼寧に強襲する。
アリサはカグツチの過去を見、自らの身を差し出すことさえ厭わない決意を見せる。
ミュラ、ロスト、イナバが遼寧のアリサが囚われた一画に現れる。ミュラはアリスとアリサを同一視するのをやめ、今を生きる決意をする。自衛隊突入隊の援護もあり、カグツチを倒しアリサを奪還する。
カグツチの魂を天皇が高天ヶ原に導く。
B2戦略爆撃機が遼寧を撃沈。
夕陽に照らされるやまと甲板で、洋祐は美咲にプロポーズした……
第17話『終戦・未来へのパラダイムシフト』
日方米中が終戦協定を締結。
次期首相と目される内閣官房長官、大泉進太郎が記者会見、衆議院解散を告げる。
荒垣と東城宏一が防衛省を退任する。
ミュラが国政に復帰し、バシスドクトリンの成功とミュラドクトリンの開始を告げる。
アリサの日記帳には方舟への感謝が綴られていた。
第18話『新たなる脅威』
ガリウスが牢から解放され、魔界へと帰還する。
魔界では皇帝が太陽因子を奪うべく日本国、方舟への侵攻を決定する。
日本はまだ、この事実を知らない──