第一章〈序〉【嚆矢篇】
第1話『復讐の嚆矢・出撃せよ護衛艦やまと』
無限に広がる宇宙。恒河沙の星々。恒星は惑星を生み、惑星は海と緑に祝福された。生命の樹に純愛宿り、紡がれゆく。
太古の記憶。悠遠の神代から続く人々の営みは新たなる『神話』の幕開けを告げる──
夏祭りに訪れていた『東城洋祐』と『西村美咲』。SNSを交換する最中、Jアラートが鳴り響く。同時刻、衛星軌道上の無人宇宙船〈ベテルギウス〉が日本列島へ降下、墜落しつつあった。イザナギに弑逆されしカグツチが復讐の嚆矢を放ったのだった。
国家安全保障担当内閣総理大臣補佐官『荒垣健』は、試験艦〈やまと〉艦長にして洋祐の父『東城宏一』に連絡を取る。
メカニズムが胎動する〈やまと〉。主砲レールガンが始動し、〈ベテルギウス〉を粉砕。
カグツチが放った復讐の嚆矢は、〈やまと〉によって防がれたのだった。
第2話『西暦2022年・日本国』
東京湾巨大生物上陸災害。かつて日本は滅亡の危機にあった。荒垣は【ヤマタノオロチ討伐作戦】を発動し、日本を救った。
無人宇宙船落下事故から数年後。横浜にて『フェスタよこはま2022』が開幕。
現内閣総理大臣『岸本勇雄』が護衛艦〈やまと〉の就役を宣言する。
東城親子、荒垣夫妻、美咲が合流し、皆思い思いにフェスティバルを楽しむ。
そこへ緊急事態を告げる一報が入る。西ノ島に正体不明の人工物が現れたのだった。
時に、西暦2022年。日本国は未知の文明と邂逅する──
第二章〈破〉【邂逅篇】
第3話『時巡る方舟』
異世界〈箱庭〉国王即位式典当日。邪神デューゴスが世界の崩壊を企み、侵攻する。
立ち向かうアリス、ミュラ、バシスら王族。
アリスは崩壊する世界から民を転移させ崩御した。
第4話『ファーストコンタクト』
日本国政府は西ノ島に現れた〈方舟〉を注視し護衛艦〈やまと〉の派遣を決定する。
〈やまと〉は異世界戦艦〈ウォーリア〉と接触。〈方舟〉摂政バシス大公と対面する。バシスは日方首脳会談を要請。荒垣がヘリで現地に向かう。
バシスはアリスに思いを馳せていた。
第5話『希望の地・日方首脳会談』
内閣府特定事態対策統括本部【特事対】本部長荒垣はヘリコプターで〈やまと〉に降り立つ。
〈やまと〉艦内で日方首脳会談が開かれ、両国は情報交換する。その折『太陽因子』の存在に触れられる。〈方舟〉は『太陽因子』を中心とする精霊魔法により栄える国だった。
その頃、火之神は中国国家主席に憑依、西ノ島への弾道ミサイル攻撃を企てる。
第三章〈破〉【革命篇】
第6話『弾道ミサイル攻撃！』
ファーストコンタクトから数ヶ月後、〈方舟〉での文化交流イベントが開かれる。
第四章〈急〉【創世篇】
第五章〈急〉【黎明篇】