【第一章・始動篇】
第1話『北朝鮮ミサイル攻撃・よみがえれ護衛艦やまと』
……(新日本神話の概略を記述)……
《タイトル》
北朝鮮金序運委員長弾道ミサイル発射(後の金序運による味方としての参戦の伏線)。日本海を偵察飛行中の戦闘機ジークフリードパイロットのアレクシスがこれを捉える。護衛艦まやがミサイルを追尾する。
護衛艦やまと始動。東城洋祐の指揮においてSM9ミサイル、火魔法を応用した主砲(魔導砲)で迎撃(魔族襲撃の魔導砲使用の伏線)。
第2話『国家安全保障会議・アレクシスと遥』
国家安全保障会議開催。大泉進太郎首相、東城美咲内閣府特命担当大臣兼特事対本部長らが対応を協議する。事態に対処できる有力な政治家として荒垣の名が上がる(内閣改造、荒垣復帰の伏線)。
海上自衛隊観艦式にて歌う遥。歌が太陽因子を発する。
魔界では太陽因子に感応し、魔王が方舟の精霊魔法を狙い、軍の派遣を決定する。
【第二章・襲来篇】
第3話『魔族襲撃・ジークフリード発進せよ』
観艦式二日目。
魔軍の将軍が軍船、竜を引き連れ方舟に侵攻。艦隊内の軍団長としてガリウスの姿もあった。
先行した竜による攻撃にパニックを起こす観客。アレクシスは遥をジークフリード機内にかくまい、離陸する。洋祐は、狩人の本能を歌ったドイツ風の某音楽を流し、不安を熱狂へと変える。
護衛艦やまとの五インチ砲、CIWSで迎撃する。
第4話『蛮族突進!将軍ガリウスの迷い』
東京湾に展開した軍船と竜にやまとが応戦。やまとの副砲、主砲(レールガン)で砲撃、小型艦は沈めるも、竜母と大型戦艦は魔力で砲撃を防ぐ。射程内(水平線)上に出たところでやまと主砲(魔導砲)を射撃。
飛竜の調教師を将軍が惨殺。それにガリウスが疑問を持つ(後の味方になる場面への伏線)。感情的な判断で突進する艦隊を五インチ砲で各個撃破する。
ガリウスは辛うじて戦線離脱。
第5話『恐るべき魔族・元内閣総理大臣荒垣健』
数日後。
全閣僚がそろう武力攻撃事態対策本部の席上。ミュラ、バシス、ローデウスが同席し、魔界について情報供与が行われる。
東城家では遥がアレクシスとの交際を打ち明ける。洋祐と美咲はこれを歓迎する。
銀座高級料亭にて大泉、荒垣、美咲らが会食。大泉から内閣改造を告げられる。
【第三章・回生篇】
第6話『新内閣発足・国際連合安全保障理事会』
十一月三日。
内閣改造。大泉第一次改造内閣が発足。
元防衛大臣にして元首相の荒垣健が副総理兼外務大臣として入閣する。組閣後の記者会見で魔界軍の情報を大泉が国民に告げる。
国際連合安全保障理事会にて魔界軍の侵攻を巡り閣僚級会合。日本からは荒垣、方舟からはバシスが参加する。
北朝鮮ミサイル基地に動き。
第7話『紡がれる愛』
東城家にてクリスマスパーティー。
アレクシスが遥、洋祐、美咲そして元海上幕僚長自衛艦隊司令官宏一と共に祝う。
会話は弾み、宏一、洋祐と美咲が気を利かせて家を出る。洋祐と美咲は夫婦ふたりきりの時間を楽しむ。(宏一の登場は、荒垣臨時内閣での防衛大臣登用の伏線)
アレクシスと遥は一夜を共に。アレクシスが自らの出自、アリスの一族、従兄弟であることを明かす。
第8話『将軍ガリウスの脱出!魔族侵略開始』
二〇四六年、二月上旬。
魔界に疑問を持ったガリウスが反乱。「俺たちは弱い、愚かかも知れない、それがどうした! 俺たちは、奴隷じゃない!」と。
それを追うように魔界の要塞のような超巨大戦艦が現れる。
【第四章・鉄血篇】
第9話『国家非常事態宣言・囚われの遥』
要塞戦艦が放つ飛竜、軍船により、極東を中心とする各地主要都市が被害を受ける。
アメリカ合衆国海軍、航空母艦『ロナルド・J・ジョーカー』率いる第七艦隊が魔界軍と交戦するも潜水艦を残し壊滅。原子炉は緊急停止とダメージコントロールにより被害を免れる。
太陽因子を宿す天皇を狙い、飛竜が首都中枢に接近。ジークフリード隊が護衛し、間一髪天皇、皇族は脱出に成功。
車両にて大泉、遥らが移動中、飛竜に足止めを食らう。魔界の皇帝が出現し遥がさらわれる。要塞戦艦に囚われる。大泉はじめ主要閣僚が死亡する。
荒垣が内閣総理大臣臨時代理に就任。内閣官房長官兼復興担当大臣に立花康平。外務大臣兼異世界担当大臣兼特事対本部長に東城美咲。防衛大臣に東城宏一が任命される。
第10話『建国記念日再び・ヤタガラス作戦発動!』
二月十一日──
日方米を中心とし、人類の反撃作戦【ヤタガラス作戦】が発動される。統合幕僚長は長瀬海将。統合任務部隊指揮官は航空総隊司令官たる早蕨空将。
荒垣内閣総理大臣が緊急記者会見。人類対魔族の決戦を鼓舞する演説。
「人類史上最大の作戦を発動する。今日が二月十一日なのも不思議な巡り合わせだ。ヤタガラス作戦を発動!今日こそを日本の建国記念日にする!」
アレクシスは遥を奪還すべく意気込む。
ジークフリード隊が魔導砲を応用した魔導弾を装備。粋な隊長が宇宙大戦争マーチをかけながら出撃。
それを嚆矢とし、日米潜水艦部隊が海中から急浮上して魔界の艦隊を強襲。
護衛艦やまとのレールガン(魔導砲)、米海軍駆逐艦からのトマホーク巡航ミサイルによる攻撃でジークフリード隊進攻を援護する。
アレクシスは太陽因子による感応波を感じる。
要塞戦艦から再び魔導防壁が展開される。紅蓮の魔方陣と共に軍船が出現。進撃を開始した。その旨防衛大臣が荒垣に報告。
そこへ北朝鮮ミサイル発射の一報が入る。
第11話『北朝鮮参戦!アレクシス突入せよ』
「朝鮮人民軍は自衛隊を援護する」
と金序運が荒垣に告げる。
北朝鮮が弾道ミサイル発射。大火力で軍船、そして魔導防壁を破る。
艦隊、ジークフリード隊の捨て身の奮闘で、要塞戦艦に突破口を開く。
アレクシスは要塞戦艦に突入。太陽因子の感応波を頼りにアレクシスは皇帝と遥のいる一室に辿り着く。
魔界の皇帝を倒す。
遥を救出。抱きあい再会を喜ぶ。
米空軍B52爆撃機が要塞戦艦を爆撃。皇帝は満足そうに息絶えた。
ジークフリードで脱出する中、アレクシスが遥にプロポーズ。承諾される。
【第五章・創世篇】
第12話『終戦協定締結・平和への道』
将軍ガリウスと、エドワード・サウスマウンテン大統領、ミュラ女王、荒垣内閣総理大臣が停戦協定に署名。
第13話『地球連邦樹立・新たなる創世の神話』
大戦を経て国際連合が【地球連邦】に改組される。地球連邦初代大統領にはエドワード・サウスマウンテン、副大統領にはバシスが選出された。
セレモニーの出席者には魔界との大戦で名を連ねた顔ぶれがそろう。魔界皇帝に即位したガリウス。方舟女王のミュラ。元内閣総理大臣の荒垣と妻優衣。副総理兼外務大臣兼特事対本部長の東城美咲。地球連邦即応軍海軍少将(艦隊司令)に昇進した東城洋祐。
そして遥の歌声と共にジークフリードで曲芸飛行を繰り広げるアレクシスの姿があった……