【第1話『復讐の嚆矢・出撃せよ護衛艦やまと』】
森羅万象がうつろいゆき、人々の営みは新たなる神話の幕開けを告げる。
高校生、東城洋祐と西村美咲が夏祭りにて出会い、連絡先を交換する。その時スマートフォンに緊急速報が入る。
緊急速報はスペースシャトル〈ベテルギウス〉の暴走を告げるものだった。
弑逆されしカグツチの怨念がバーニアを吹かし、宇宙船を降下させる。
日本国政府は護衛艦〈やまと〉に迎撃を指示。胎動する海上自衛隊最新鋭護衛艦。
洋祐の父、東城宏一艦長の指揮のもと、レールガンにて〈ベテルギウス〉を破壊した。
カグツチの復讐は、護衛艦〈やまと〉によって防がれたのだった。
【第2話『2022年・日本国』】
二〇一一年に発生した東京湾巨大生物上陸災害は、当時最年少内閣総理大臣であった荒垣健防衛大臣によって鎮圧され、日本は繁栄を謳歌していた。
荒垣健は内閣府特定事案対策統括本部【特事対】本部長に就任した。
現内閣総理大臣、岸本勇雄は『フェスタよこはま2022』の開幕、護衛艦〈やまと〉の就役を宣言。
自衛官となった洋祐は婚約者の美咲と共にフェスティバルを楽しむ。
緊急事態を荒垣の秘書が告げる。日本近海に不審船が現れたのだった──