東方紺珠伝後の話。
月での戦いの数ヶ月後
灰が降り始める。人が消え、灰が降る。
そしてその灰に触れた者も同じ運命を辿る。
博麗の巫女を中心とした者たちが動き出す中、
四人の者たちも動き始めていた。
人物
自機キャラ（初期）
楽園の不思議な巫女 博麗霊夢
普通の魔法使い 霧雨魔理沙
追加自機キャラ
豊聡耳 神子（&豊御 部）（stage1クリア後）
霊鳥路 空（stage2クリア後）
比那名居 天子（stage3クリア後）
フィリア＝エレフセリア（stage4クリア後）
八雲 藍（stage5クリア後）
自動斬式人形Code396現地改修特別型（同上）
封獣 ぬえ（stage6クリア後）
蓬莱山 輝夜（&八意 永琳）（extra stage突入時）
撃玖（extra stage、撃玖撃破後）
斬九露（extra stage、盈月との一対一の戦いを断った場合のみ、一時的に使用可能）
敵対キャラ
豊御 部
撃玖
フィリア＝エレフセリア
斬九露
走彌
走竜
盈月
（メタ的二次創作編）
東方異空郷
stage1 「灰の降る里」
人里
灰を避け続け、妖怪を一定以上倒す
ボス 出遅れた神霊 豊御 部
stage2 「モノクロの楽園」
人里上空
道中BGM 昔を見るには。
中ボス 博麗霊夢（霊夢が自機の場合のみ自動斬式人形）
ボス 舞い込んだ八咫烏 霊鳥路 空
BGM モノクロに浮かぶ真っ赤な焔
stage3 「灰は天界に手を伸ばす」
天界
ボス 緋想天 比那名居 天子
stage4 「天翔ける影は何を思ふ」
天界上層部
中ボス 栄光なき夜明け 撃玖
ボス 三次元の観測者 フィリア＝エレフセリア
天翔ける白い影（魔理沙が自機の場合のみ）
stage5 「NOT BE FOUND」
？？？
中ボス 護衛型自動斬式人形（斬九露の式神）（霊夢が自機の場合のみなし）
ボス 自称人間の機械人形 斬九露
stage6 「誠意は報われない」
天界最上層、聖域
中ボス 消滅と浄化 走彌
ボス 暴走する正意 走竜
extra stage 「響けよ力、望めよ命、目覚めるは一対の遺物」
天界最上層、聖域、浮遊城
中ボス1 自称人間の機械人形 斬九露
中ボス2 機人隊長 撃玖
ボス もう一人の蓬莱山 蓬莱山盈月&八岐大蛇の成れの果て 斬九露・八岐蛇
二人組のを倒すと、盈月が暴走しかける。それを止めるために一対一を
して欲しいと言われる。（斬九露に）
そこではいを押すと残機1、スペカ全回復で1vs1になる。
いいえを選択すると自機が一時的に斬九露になり、1vs1になる。
（両方ともスキップ可能）
前日譚
東方紺珠伝の直後、
斬九露が幻想入りする。
これ自体は事故であり、その後、斬九露がとある行動を起こすのが原因で大事件になる
幻想入り直後は訳が分からず、かつ記憶も失っていたため、
たどり着いた霧雨魔法店に三日間居候。
しかし霊夢に存在がバレ、一時姿を消す。
その後かつての三人の仲間を呼び出す。
（走彌、走竜、フィリア）※過去のことはまたいつか出します
走彌の思いつきで異変を起こし、居住区を手に入れようとした。
灰に触れた人間を強制転移で連れ去り、あたかも灰になったように見せる
フィリアが空間阻害を起こす
斬九露がその隙に居住区を用意する。
全ては存在が不安定な走竜のためだった。
黒幕
その後連れ去った人間の腕が落ち、走姉弟の暴走が始まる