75億年後の地球
生き残った生物は4人の人間だった。
蓬莱人たる輝夜、永琳、妹紅
機械たる斬九露。
地球上の生物は太陽により消滅。
斬九露は45億年前に地球を去った。
斬九露は宇宙の果てを見に。
40億年前の日、
日本列島に直撃した隕石により3人は散り散りに。
数年後、輝夜と永琳は合流し、地下文明を建造。
妹紅は地球を彷徨う。
その56万年後、永琳も宇宙の果てを目指して、斬九露を探すために出発。
一方斬九露は惑星シヴァで準備をしていた。
失敗した役目を果たすため、一人時を戻す準備を。
が、常時発動させていた未来予測システムにより
蓬莱人3人が数億年後来ると知り、浮遊都市を製作して待っていた。
輝夜と妹紅は合流し、永琳の残した船で地球に似たシヴァに向かう。
一方宇宙の果て、斬九露を探していた永琳は紅魔館ロケットを発見、
（太陽系支配のためレミリア、パチェリー、咲夜が使った物）
時間停止でコールドスリープをしていた咲夜を発見。
それと同時に咲夜が持っていた端末にシヴァからの連絡が届く。
元が惑星シヴァだと知った2人はシヴァを目指す。
そこで5人が揃う。
咲夜が寝た後、永琳は斬九露のもう一つの能力について気付く。
が、あまりにもおかしい為、考えなかったことにした。
斬九露はシヴァに残り、バックアップをする（万能家斬九露）
それ以外の4人は次元を作り直す計画に出る。
計画
斬九露の力で宇宙の終わりをビッグクランチに固定。
妹紅、輝夜、昨夜、
で光速を超える船を作り、ビッグクランチの特異点に突入
永琳が初期状態を操作しもう一度幻想郷が出来る状態を整える
それと同時にビックバンを引き起こす
もう一つの終わり
次元の歪みが発生し、
///////によってやってくるはずだった旧作のキャラクターがこちらに来る。
その影響で世界から魔力、気力、妖怪が消える。
三つの原素が消えた影響で世界を侵食する闇が発生、
それに斬九露が飲み込まれ、
これはヤバいと思った神崎が禁呪を使い、
///////がやって来る以外の歴史と
起こりうる可能性を潰し、自身の記憶を消した上で
時を戻した。