過去と未来をつなぐ旅路に、新たな仲間と挑む未解決の謎。悠久の魔導師エリゼが、フリーレンと共に闇の陰謀に立ち向かう。

伝説の魔法士エリゼ・ラグランジュは、かつての仲間たちの墓を巡り、長い旅を続けていた。ある日、彼女はエルフのフリーレンと出会い、共に旅をすることに。二人は、失踪事件が続く村で古代の遺跡を発見し、そこで強力な魔族の陰謀に巻き込まれる。過去の仲間たちの思い出や、秘められた長寿の秘密を抱えながら、エリゼとフリーレンは真実を追い求める。