幼馴染みの秘密は世界の秘密でした。

現在の日本は、科学や医療の発展で身体能力を意図的に弄ったり、欠損した手足を付け替えたり、治せない病気など殆んど無い程の科学国家となった。
その日本の首都『新東京』、東京の人口増加に伴い、他県と東京を統合した都市に、境坂高校の2年生である天ヶ崎（あまがさき）凛都（りと）は幼馴染みの歌枕（うたまくら）珠理亜（じゅりあ）の家からの帰り道、食い荒らされた人間の死体を目撃してしまう。