化物世界：水上都市・アクア９９の残骸

　地球の生存競争に敗北した【人間】と、今や地球の九割以上を支配する生物——【バケモノ】。
　百年以上をかけて力を得た人間が、バケモノから生存権を奪うために立ち上がる……。

　故郷の島を出て旅をする少年・ギンと、その同行者である、【アンドロイド】と呼ばれる『バケモノ』の子供・ブルゥ。バケモノに対抗する術を得た【人間】／弓矢を扱う少女・ウリア――、彼らは小船で海を渡っている最中、巨大な潜水艦と出会う。『アクア99』それは人間が暮らす都市であり、そしてバケモノを狩る『ハンター』たちの総本山・『ゴッドタウン』へ向かう、最後の一隻だった。