太陽系消滅!少年と少女、二人だけの宇宙探索。期限は一年。
謎の天体が太陽に衝突、太陽はブラックホールになる事が判明した。
猶予は僅か15年と8ヶ月。
この不可避の大災害の前に、人類が選んだ最後の手段は
「コンピューターが選んだ男女一組を外宇宙に送り出し、新天地のアダムとイブとする」
という方法だった。
だがワープに必要なエネルギー源である新量子『重力子』は、
太陽がブラックホールになる直前でしか収集できない。
そして『大型宇宙船では衝撃に耐えられないし、ワープ成功確率も低い』
という事で
『男女一組だけ載れる小型宇宙船を大量建造』
する事になった。
宇宙船は「地球の種子」という意味で『SEED』と名づけられた。
だが計算上、宇宙船に搭載できる大気、水、食料は僅か一年分。
それが『人類を存続させる使命』を負った少年少女のタイムリミット。
コンピューターに選ばれた少年・マコトは、訓練のためカリフォルニア基地に送られた。
そこで出逢ったのは、美しいが勝気な少女・ミドリ。
もう一人が、優しいが大人しく引っ込み思案な少女・祥子。
彼らは様々な不安を抱えながら、外宇宙に出るための厳しい訓練を受ける。
第一部:太陽系脱出編