ザルバ・バルシャン：北方都督府の太守。不老不死欲しさに人間を辞め、帝国や民たちを裏切る。
竜族（ドラゴン）：かつて人間がこの星アガートスにやって来た時、植民されて土地を奪われた。元々閉鎖的な種族で騒がしい人間が苦手である。身体能力や生命力はアガートス最強。王国を滅ぼしかけていた帝国軍を簡単に追い払えてしまうほど。皇子を人質に取られてしまい、今は姫の言いなりになっている。
姫：アンナローザ姫。アマルナイ王国の王族の一人にして、不老不死の研究の成果の一つ。神と意思疎通ができる。竜族を騙して帝国軍を撃退させた後は人質を取って、酷使している。帝国軍に殺されたはずの神が方舟の中で復活しつつある事を知り、方舟が帝国首都カンナヴァリスの上空を通過する時を待っている。神をもう一度この星に落とし、自分以外の人間を滅ぼすために。『人類愛があるから人間を滅ぼす』とマジで考えているヤバい女。『夜のレプティアの惨劇』を引き起こした張本人にしてアマルナイ王国の王族最後の一人。ヨルデリアが神の子である事に一目で気付く。ハルーンは神の下僕だったため、彼女に近付く術や彼女の弱点を知っていた。夢は不老不死になって、誰もいない静かな星を散歩する事。見た目はとっても可愛い。中身はサイコパス。
セイバー：方舟のメインシステム管理用人格型プログラム。とある理由から長年の沈黙を破り、ユーディンらに接触する。