逃亡錬金術師～出来上がった賢者の石が腹の中に入ったので取りだしたい。騎士団も裏組織も今はそれどころじゃないから追ってくるな！？～

錬金術師エンデュ・Ａ・パラケルススは過去誰も生成できなかった賢者の石を生成すべく活動していた。

しかし、賢者の石の生成を認めない騎士団や力ある錬金術師たちを取り込もうとするＵＡ教団に目を付けられてしまう。

自らを天才と呼ぶ彼はホムンクルスであるサポートや生み出した錬金術での道具を用いて撃退する中、最後の隠れ家でもある研究所にて賢者の石を生成する――