ブラウザ版の話です。
おそらく、通知機能を実装したから、もういいよねというような感覚なのでしょう。
まあ、私の場合、長らく同じコメントが表示されていることも多かったのですが。
ただ、今まで最新のコメントの全文を読むのにワンクリックでよかったのがツークリックになったし、
通知機能からはコメントをくれた方のプロフィールには移動できないし、
近況ノートへのコメントでは、そのコメントではなくノートの最初に飛ぶようになってしまったし、
不便になったな、と感じたのです。
あと、通知機能のようなポップアップものって、よく右上に閉じるボタンがあることが多いのですが、カクヨムの通知機能ではそこが「設定」になってるんですよね。
つい、閉じようと右上クリックして、設定画面にいっちゃうのです。