オタクがオタクを毛嫌いするというのはごく当たり前のようにあって、それを外から見ている一般人は「同じオタクなのにどうして争うの？」としか思えない事も多いかと思います。
今回はその辺の解説でもしようかなと思います。
例えばガンダム１つとっても
「富野監督が関わった作品以外は認めない」という富野信者や
「宇宙世紀以外はガンダムじゃない」という宇宙世紀派や
「ガンダムと呼べるものはシリーズ初代のガンダムのみ」というファースト原理主義者、などと派閥化していて１枚岩ではないんです。
制作者側はそれらに配慮して「これは富野作品」「これは宇宙世紀」「これはファーストのリメイク」という感じに
各派閥向けに作品を作っているのでガノタ（ガンダムオタク）は総体で見れば満足しているんですね。
野球で例えるなら同じ巨人ファンでも「長嶋茂雄が関わらない巨人なんて絶対に認めない」とか「ゴジラ松井のいない巨人なんて巨人じゃない」などと言って不毛な内ゲバを日夜やっている。
と言えば少しは理解できるでしょうか。この辺が「オタクってめんどくせえ」と思われる大きな原因でしょうね。