ある日、ぼく（♂）が安藤カジュ（♀）になった理由（わけ）

主人公は中学二年生で不登校生の、安藤佳樹（アンドウ　ヨシキ）。
ある日、彼は高熱を出した後、「後天性女子化症候群」を発症しＴＳ娘になってしまう。
ＴＳ娘は保護の名目で市が設立したＴＳ娘特別区に保護されることになっており、主人公も保護されてしまい、安藤カジュとして生活を始める。
特別区内では厳しい監視と、検査が行われ外部との連絡は制限されている。
ほかのＴＳ娘たちとともに学校生活を送る中で、社会から隔離された状況に疑問を抱く。
数日後、ＴＳ娘として潜入した市の職員に協力し特別区を解放。
このＴＳ特別区での事件をきっかけに、ＴＳ娘の権利を守る決意を固める。