北海道の、とある街に住む15歳の神無代和樹は、占い師の母と二人で暮らし。しかし年の瀬のある日、入浴中に亡き父の幽霊が浴槽に現れ、「お前の『運命の恋人』を護れ。彼女には『悪霊』たちが取り憑いている」と言われてしまう。翌日、和樹のクラスに転入してきた蓬莱天音に不気味な手がしがみ付いているのを霊視。その夜、父の助けを借りて幽体離脱し、『三途の川』の水を引き込んだ浴槽から『悪霊』の住む『魔窟』へと潜行する。平安朝装束をまとい、霊刀を持つ彼の名は『神名月の中将』。やがて彼の許には、宿命で結ばれた仲間たちが集い始める。