まあ、当然と言えば、当然ですよね。読者選考なんですから、読まれた（だろう）順、ということで。そこに、運営さんが何かしらの理由をつけて、手を加えるのは違うだろうという話です。
まずは、一次選考に通った方には、おめでとうございます。私がこっそり応援していた方は、半々ぐらいで、まあ、ダメだった方は気を落とさずに、次、（他？）頑張りましょう。
今回の結果に納得いかないという方もいらっしゃると思いますが、web小説の世界では、「数が正義」という事実が厳然としてあるのです。どんな方法で出た数字であっても、そこに出ている数字は、正義。主催している方も、そんなこと最初から分かってやってますからね。
そういう世界なので、正義を他に求めたい方は、こんな世界にいてはいけません（笑）きちんと読んで精査してほしい。そういう方は、きちんと公募に行かなくてはいけません。
まあ、数が正義なのは、出版業界も視聴率に縛られてるＴＶ業界も一緒ですかね。エンタメ関係はどこもかしこも。外から見てるほど、夢の世界じゃないですよね（苦笑）