自分の経験からですが、腰痛が出る部分より上の部分が痛いようなら、
尿路結石、若しくは腎臓の腫れを疑った方がいいと思います。
（自分も素人なので正しいかわかりませんが）
その時は異常に顔色が悪くなっていたので、病院直行でしたが。
そういえば、自分はヘルニアもぎっくり腰も経験がないので、
痛みの違いが説明出来ないですね。まぁなりたくはないですが。
作者からの返信
尿管結石や腎結石は上位腰椎かそれよりやや上なので、おっしゃる通りですね。あとは安静時痛の有無ですね、結石はじっとしてても痛いのに対し、筋骨格系の腰痛は安静にはあまり痛みがないけれど起き上がる時の動作で痛みが増す、というのが典型的です。
尿路結石、激痛だったでしょう？ 自分がみてきた痛みランキングでは、１位尿路結石・２位椎間板ヘルニアによる坐骨神経痛・３位腹膜炎、という感じでした（個人差アリ）。
私自身は内臓疾患（＝地雷）か筋骨格系疾患かの区別は動作時痛があるかないかを目安にしています。
実は自分自身が尿路結石とギックリ腰をそれぞれ経験しました。
前者は腰に痛みが張り付いていて動作で変化なく、後者は腰を捻った時に痛みが増強しました。
しかし高齢者の脊椎圧迫骨折の場合は腰を捻ってもあまり痛みが増強せず、前屈したときに痛みが増強するので洗面動作ができないと言われることが多いように思います。
同様に五十肩と間違えられる心筋梗塞や大動脈解離も地雷ですが、動作時痛の有無である程度は見分けられるのではないでしょうか。
作者からの返信
ご指摘の通りです、安静時痛は腰痛のレッドフラッグの一つです。椎体骨折は軸圧がかかる動作の時に痛みが励起されますので、立ってしまえば歩くこと自体は大丈夫、という方も多いです。脊椎の骨折は起居動作が困難となることが特徴ですね。胸椎の椎体骨折も同様ですが、この場合前胸部に放散痛が出ることもあるので注意が必要かもです。胸痛に対しCAGを行って冠動脈に異常がなく、後に上位胸椎の骨折が判明したという事例を経験したことがあります。