感想ありがとうございます。
読者への不親切が体現したかのような当小説を選んでいただいてありがとうございます。
「収容違反」はSCP財団の界隈を知らないと伝わらない言葉だし、「アノマライズド」はanomaly（異常）をもじった造語ですしね……。分かる人に届けって感じですのでタイあらは諸説あります。
内容触れてもらえるの嬉しいです。
研究員の発言から、彼の哲学は「仮想を想定することは⇒知性的な振る舞いであり⇒それこそが人間を万物の霊長たらしめている」というものであることが分かりますが、その後の行間に（笑）「⇒つまり仮想を想定できないものは人間ではない」という結論が挟まっております。男の「世界と言う言葉は全ての人類に分不相応なものだ（だから「目の前の世界」しか知らないこの子供たちだって人間だ）」という理論とは真っ向からぶつかるんですね。となると研究員がわざわざマウスという極端な例を出したのは、子供たちをマウス呼ばわりすることで、対話の余地がないことを示すためかもしれませんね。二人の哲学が平行線になることがこの一言で決定づけられたため、会話はここで切り上げられます。
と一応こちらで考えていたものはありますが、色々考える余地を残してもいます。まあ男はこの施設を非難してるんだなーとさえ伝わればいいと思って書いております（笑）。
AIのカッコを変えるかは結構悩んでるんですよね。参考にさせてもらいます。

ここから三話についてですが、自分の説明不足を痛感させられるばかりですね……。
「男」は同一人物ですね、主人公です。別人だと思われるのが想定外だったくらいです。少し見直してみようと思います。「一時間後にオペレーショナルルームへ」「なぜ一時間待たせた」とかで……いや素直に杖って書いちゃえばいいか。
アルケミストについては、二話に「作戦部隊の名称か」「いいえ。超能力を持つ特定個人です」というやりとりがあるので少なくとも一人の人間を指していると伝わると思うのですが、と言うかたぶん二話を読み飛ばしてませんか？　もしそうなら流石に混乱すると思います。
いや、もちろん二話を読まれていてかつ伝わっていないなら、こちらの問題なのですが……。まあ物語の主軸は伝わっているようですので、それに関しては安心しました。

感想ありがとうございます！
なるほどご意見参考になります。確かにあの辺は分かりづらい気がしていたところです……（笑）
また後でそちらも伺わせてもらおうと思います！