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特殊次元管轄組織SpecialDimensionJurisdictionOrganization（スペシャルディメンションジュラステクションオガニゼーション）、通称S D J Oという特殊組織のデバッカーを育てるための養成所の生徒たちが、SDJOで巻き起こる様々な問題に巻き込まれ、戦う話。

主人公玄霧円椛は何の変哲もないただの女子高生だったが、ある日高校でいじめられていた男子生徒を助けたさい、いじめっ子の男子生徒たちに目をつけられ、放課後、教室で襲われそうになる。その時、唐突に精神世界に飛ばされ、仮想兵器Evaと出会い、Evaのbodyとなってしまう。円椛はSDJO養成所に連れていかれ、そこで個性的な生徒たちと出会う。