うーん。

伏字で書いていらっしゃる方や、まんまそのまま書いていらっしゃる方もいますよね。
詳しく内容は書いているけど、固有名詞にはあえて触れずに、読む側が勝手に推理するとか？
（緑色の女神のロゴマークのコーヒーショップで……みたいな？）

日記っぽいのを書いているのですが、日記やエッセイなら、そのままでもいいのかなあ？　と考えてまんま書いているときもあれば、（気が弱いので）伏字にしたりしています。

商業誌では、推理系のお話しでは観光名所や施設名などがでてきますけど、あれって、編集さんとかが許可申請とっているのでしょうかね？？？

公共交通機関の場合と、民間企業名、またはその取扱商品名の場合では、
許容のされ方が違うような気も……。
プラスの意味で宣伝になるのだからいいのではと思ってしまいそうですが、
使用される側としては、必ずしも喜ばしいとは思わないのでしょう。
逆に、自社あるいは自社製品の名前を用いて、利益を得ようとしている、
と考えるのかもしれません。
著作権や商標権って、ちゃんと勉強しないとあかんなあ、難しいなあと思います。