この手のアプリは私もたくさん利用してきましたが（ArtOfWords、scrivener、yWriter、Evernoteなど）、保存形式がアプリに依存する問題があって、あまり使わなくなってしまいました。そのアプリでしか文書を利用できないということが、ままあるもので……ひらめきを与えてくれる面はあるので、最初のアイデア出しとかに使うぶんにはいいのかも。
プロットまで作成できたら、そこから先は汎用性のある保存形式を使うほうがいいと思います。カクヨムなどの簡易マークアップ言語は広く普及しているので、そこは便利になりましたよね。（カクヨム形式のルビが、よそでも使えるようになっている）