コメントありがとうございます。

帰す事自体は第一部で心が壊れてしまった龍平を帰した時点で出来ました。
そしてそれが真実だと確信したのは、第２部になって地球での出来事を思い出した時です。

そして第２部最後の方で死んだ後に半自動的に（クロノスの手動ですので）帰す塔が完成しましたが、クロノス時代はそのまま時間遡行戦に入ってしまった為にあまり活躍しませんでした。

その塔が活躍したのは３部でですね。
半自動のシステムも、ちゃんと使っていました。