痔を「ぢ」と表記するのは、どうやら歴史的仮名遣いのようですね。水が「みづ」と表記されるように。おそらく血との関連性もあると思われます。
　https://gogen-yurai.jp/ji/　こちらでは、痔の大手治療企業が「ぢ」と言い続けているために歴史的仮名遣い表記が浸透しているとかありますね。
　
　ここからは憶測ですが、痔は音が一拍しかありません。一字の名詞と言うのは平仮名表記するとき非常に視認性が悪いので、目立たせるために歴史的仮名遣いを採用したのではないでしょうか。それに、日常的にあまり書かないことなどもあると思います。