詳しい分析、ありがとうございました。
　この作品は、ウイルスをネタにした小説としては4作目なのですが、1作目（カクヨムに投稿した順番としては3作目）において「ウイルスをテーマにした異世界ファンタジーなのに、途中から普通の冒険小説的要素が強くなった」という反省があり、最初から「今度は話を膨らませずに焦点を絞って書こう」という意図がありました。今にして思えば、今回の企画に参加させていただくには異色な作品かもしれず、少し申し訳なく感じています。
　今回の分析を読んで、この『以前の作品の反省を踏まえて』というのが、吉と出たり凶と出たりしているように思いました（ほとんどは『凶』の方ですが）。

　まず『１、物語の総論』でご指摘ただいた点。主人公のキャラクターとしての肉付けに関しては、焦点を絞ろうとしたが故の失敗だったと反省しています。切り捨ててはいけない部分を切り捨ててしまったのですね。同時に、そうやってキャラを掘り下げるようなイベントを考えることで、続編やシリーズ化も可能かもしれない、と前向きに捉えてみました。
　転生設定に関しては、上述の『以前の作品』に少し引っ張られたかもしれません。「万能感のある異世界転生ではなく、ごく一部の知識しかアドバンテージにならないような転生者を描きたい」というところから私の投稿活動はスタートしていたので、この作品でも何も考えずに転生者を導入してしまいました。とはいえ、知識レベルの違う人間を二人登場させる上で、転生者と現地人という立場の違いは書きやすく、これを両方とも現地人として書くのは自分には難しいな、とも感じています。
　また『キャラクターが淡々と会話を繰り返すだけでは読者は飽きてしまう可能性が高い』というのは、ごもっともです。自分なりに細かい仕草などを入れたつもりだったのですが、まだ足りなかったというのを思い知らされました。同時に、『３、作品の強み（弱み）や個性だと思う所（主観多め）及びまとめ』において、全編通して女の子が所作が可愛い、と言っていただけたことで「不十分ではあったが方向性は間違っていなかったかもしれない」とも思えました（会話劇では読者が飽きる、と考えたが故に、自分では苦手と認識している「キャラ描写」を頑張りました。『作者様は女性の可愛らしい仕草を頭で想像して、文に起こすのがとても巧みです』と言っていただけたのは望外の喜びです。少しは弱点が克服できたのかな、と思えました）。

　続いて『２、各論』。細かく書いていただき、本当にありがとうございます。具体的にレスすると長くなるので、それはやめておきますが……。やはり痛感するのは、構成的な失敗ですね。客の登場シーンまでが長すぎたのは薄々わかっており、頭でっかち感がありながら「でも書いておかないといけないことが多くて……」と、自分に言い訳しながら書いていたような気がします。それでいて、ウイルス学的な説明や世界観の設定など、取捨選択したつもりが切り捨て方を間違っていたり、説明の仕方が悪かったり、というのを気付かされました。少しの説明不足や説明の仕方が問題の点は、今からでも修正できるので、そのうち手を加えようと思います。

　長くなりましたが（と言いつつ、このレスでも冒頭が長くなってしまい本論が短く、頭でっかちな感じがあるのですが）、貴重なご意見、本当にありがとうございました。この作品を手直しする上で、また今後の創作活動において、役立てて行こうと思います。