かれら以外の人造人間のことを話しているのだと思います。拠点にはハカセがいるので、わざわざ説明する必要もないことだったのでしょう。

攻撃してきた連中というのは、拠点を攻撃してきた者たちも含め、おそらく敵対的な勢力全般に対して言っているのだと思います。基本的に廃墟の街は無法者が跋扈する世界なので、ある種の疑心暗鬼になっているような描写だと思います。

暴走に関しては、おっしゃる通りだと思います。その地区を管理する〈守護者〉たちによって、普段は被害が広がらないようにコントロールされていたのだと思います。この場面では、それが機能していませんでしたが。
koura053さん、感想ありがとうございました！