　天正十三年（一五八五）といえば、日本史上銘記すべき年である。この年、織田信長に代わって天下人となった羽柴秀吉（翌年九月、豊臣姓を賜る）が、武家では前代未聞の関白に任ぜられたのだ。

　翌天正十四年（一五八六）七月より、秀吉は九州大遠征を開始。メルショルの先見の明どおり、秀吉に対抗して挙兵した薩摩島津勢により、十二月には豊後大友勢が攻め落とされ、一大キリシタン都市として栄えた府内の街は、激しい戦火のうちに灰塵と帰した。

　天正十五年（一五八七）四月、秀吉は九ヵ月におよぶ九州遠征を終え、筑前箱崎（現・福岡市）に入った。

　九州でキリシタンの実態を目にした秀吉は、その勢力が想像以上に大きいことに危機感を抱いた。スペイン・ポルトガル勢力が日本侵略を狙っており、キリシタン布教はその足掛かりなのではないか――という疑いである。また、奴隷貿易の噂も危機感をさらに強めた。

　同年六月、初めての大規模なキリシタン迫害である伴天連追放令が発せられ、京都の南蛮寺や長崎の公館は打ち壊された。しかしこれはあくまで肥大化した勢力を抑制することが目的であり、外国人聖職者やキリシタン大名は制約を受けたものの、日本人平民の信徒を中心とする各々の信仰は容認された。

　さて、そのような情勢のもと、京で細々とキリシタン信仰を続けていた在昌一家だが、この追放令で京南蛮寺がなくなって、また以前のように年に数回、復活祭や降誕祭などの折に、堺の南蛮寺に通うばかりとなった。個人の信仰は容認とはいえ、やはりキリシタンに対して国家的規制令が発せられたことは、世間的体面を悪くして、上・中流階級のキリシタンはいっそう肩身の狭い境遇となった。

　この堺の街で、在昌一家と特に懇意になった人物がいた。因幡国八上（やがみ）郡（現・鳥取県東部）の出身で、在家修験行者（しゅげんぎょうじゃ）の小倉浄因季雅（おぐらじょういんすえまさ）と、その姉・杉。秀吉の因幡征伐の戦火を逃れて堺へ上ってきた人物である。またもう一人、大和国山辺郡（現・奈良県天理市）に鎮座する大和（おおやまと）神社の社家の出で、いわば民間陰陽師にあたる声聞師（しょうもじ）である和（やまと）高彦という人物。一時因幡に滞在していた折に小倉姉弟と出会い、小倉杉の夫となった姻戚である。小倉・和の両家は堺の街の中央に鎮座する「大寺（おおでら）」こと密乗山念仏寺の住坊で一家族のように親しく暮らしており、在昌一家と出会ってからは、堺を訪れるたびに宿を提供し、家族ぐるみで親しく交際するようになった。