改稿、公開停止、投稿形式、全て応援させていただきます。
完結後に新装版として書き直す方を多く見かけまして、途中でより作品を良くするアイディアを閃いたのだと思いますが、それらはやはり勢いのある時に披露することが一番効果的なので、ここぞと決めたら躊躇なくやるべきだと思います。

そして、田中林太郎さんの本気が伝わってくるので自分からも一つだけ。
自分は誤字報告はしても、内容や表現のアドバイス的なものは（極一部の例外を除いて）しないようにしていますが、「もしエイリアンズ・ロックが自分の作品で、他ならぬこの作品で勝負を掛けるとしたら」というものがあります。
といっても、現状までのストーリーや設定を変えるというものではなく、作品が元から持っていると思われるものを際立たせるだけです。

もし気に触ったり、悪影響になりそうだったりしたら無視してほしいのですが、ご許可がいただけたら編集で追記しますが、どうでしょうか。

《追記》
勿体ぶったことをしてしまい、お恥ずかしいですが、もし自分だったらということで、あくまで物語の展開や登場人物の性格を改変しない範囲でのものです。
ただ一点だけ、最初期の段階からヒロインの柚子乃に対して、読者が抱く不可侵性をかなり高い位置にまで持っていくと思います。それは難しい単語を並べたり、表現の過剰な足し算をしたりするのではなく、象徴的なミニエピソードや節々の言動を通して、自然と喚起するように行います。
なぜなら、物語の発端である「日記帳の暴露」について、彼女本人は別として、読者側にあまり悲壮感が感じられないと思うからです。むしろそれを見られることで、外部に素直に気持ちを発信できるようになるのかなという期待すらあります。そのような展開はある意味でお約束ですし、無難に仕上げるならそれで良いと思います。
ただ、私が読んでいて感じた彼女は、もう少し違うような気がしました。彼女の生い立ち、障害、不思議な力、そして人間嫌いを公言していることからの想像、或いは解釈ですが、彼女はその境遇ゆえに世界から阻害されてしまっている、しかしてその一方で、世界に対して敢然と対峙しているのではないかと思いました。そして、周囲に対してある種の孤高や高潔さを認識させることで、自己の存在を認めさせているとも思えました。
日記帳はそんな彼女から生まれた澱であり、弱みであり、それでいてそんな自分でいなくても良い未来への希望だとも思えます。しかし、それが意図せず他人の目に触れてしまえば、世界に対峙する勇気も、周囲に認めさせた高潔さも、仄かに夢見た未来さえも消え失せてしまい、彼女には何も残らず、自らの意思でG・Aを外してしまうのではないかと思いました。
というふうな感じで、主人公はもちろん、読者や作者でさえも彼女のその姿を守りたい、例えそれが成長とともに変遷し、それが正しいことなのだとしても、それでもこれまで懸命に抗い続けた「今の」彼女をも守りたい、と思わせる段階にまで昇華できたら、それは本作のSF要素と並ぶ物語の両輪となり、作品の持つ魅力を限界値にまで高められるのではないかと思います。
まあ、長々と人様の作品で解釈を述べてしまいましたが、そういった要素は私が考えたものではなく、作品自体がもともと持っていたものだと思います。プロの作家や漫画家でも、出版社の編集から色々言われて引き出されながら書いているそうですし、一読者の戯言でも作品の向上に繋がる部分があればと思いました。しかし、さすがに恥ずかしいので、時間が経ったらコメントの最初の段落だけを残して消しておきます。（笑）